ในปีงบประมาณ พ.ศ. 2552 ได้จัดตั้งในนามสถานคุ้มครองและพัฒนาอาชีพ (ชาย) จังหวัดเชียงราย เป็นหน่วยงานในสังกัดกรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ
กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ เพื่อรองรับการดำเนินงาน ตามพระราชบัญญัติป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์ พ.ศ. 2551
ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ โดยมีการจัดตั้งกองต่อต้านการค้ามนุษย์ขึ้น เพื่อเป็นหน่วยงานหลักในการดำเนินงาน
ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์ และในวันที่ 31 มีนาคม 2558 มีคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ที่ 933/2558
ให้จัดตั้งสถานคุ้มครองสวัสดิภาพผู้เสียหายจากการค้ามนุษย์ จังหวัดเชียงราย โดยเป็นหน่วยงานส่วนกลางซึ่งมีสถานที่ตั้งในส่วนภูมิภาค ภายใต้การกำกับดูแลของ
กองต่อต้านการค้ามนุษย์ และปฏิบัติหน้าที่ตามพระราชบัญญัติป้องกันและปราบปรามการค้ามนุษย์ พ.ศ. 2551 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้องแทนสถานคุ้มครองและพัฒนาอาชีพ (ชาย) จังหวัดเชียงราย